Olá Gabriel!
Uma pergunta muito boa você fez aqui.
Então, o que acontece muitas vezes no Tanach é que as letra ו e י se trocam uma com a outra.
é um fenômenos muito comum no Tanach.
você pode ver isso também em alguns verbos, por exemplo ילד\ולד.
Muitas vezes podemos ver que em parte das conjugações a letra é י e as vezes é ו.
por exemplo vamos pegar a raiz יצר se eu colocar está raiz no BINYAN PAAL no passado eu vou receber יָצַר (criou)
Mas no BINYAN NIFAL de repente a י vira ו
no passado – נוֹצַר
no presente – נוֹצָר
no futuro – יִוָּצֵר
Tem algumas explicações para estas mudanças tanto linguisticas quanto religiosas, mas no fim das contas é um fato que estas trocas aconteceram.
Então quando está escrito הוא (que geralmente significa ele como você mencionou), como podemos saber se a palavra é ele ou ela? simplesemnte pelo contexto.
Espero que eu tenha conseguido responder a sua pergunta,
Yohay Barzilay